В рамках направлений научных исследований в академии функционируют более 12 научных школ, основными из которых являются:

• исследование и решение проблем обеспечения результативности содержания, форм и методов военного образования и научной работы;
• совершенствования существующих систем связи и автоматизации;
• развития войск связи, их организационно-штатных структур и тактики боевого применения;
• развития технологий построения и боевого применения инфокоммуникационных систем;
• обеспечения защиты и безопасности связи, информации, информационных и сетевых технологий;
• исследование и разработка эффективных антенных систем нового поколения;
• исследование и разработка эффективных способов обработки сигналов для перспективных защищенных сетей связи военного назначения;
• исследование проблем и разработка системотехнических принципов построения и функционирования автоматизированных систем управления;
• исследование и разработка принципов организации, ведения радиоэлектронной разведки и радиоэлектронной борьбы;
• разработка нового поколения методического аппарата военно-экономического обоснования и оценки эффективности образовательных, информационных, сетевых и других технологий в  области управления войсками и военных инфокоммуникаций;
• разработки нового поколения нормативного обеспечения.